Big data ci salverà, anche dal Coronavirus. Il consorzio Exscalate4CoV, a trazione tutta italiana, è infatti il progetto di riferimento in Europa per contrastare il Coronavirus, grazie al supercalcolo. La Commissione Ue gli ha appena assegnato un progetto d’urgenza per trovare, grazie ai supercomputer, le molecole per contrastare il virus, finanziando il progetto con 3 milioni di euro.
Con i supercomputer, molti dei quali a Bologna, oggi si possono fare simulazioni, grazie al consorzio guidato da Dompé farmaceutici, che aggrega 18 istituzioni e centri di ricerca in 7 Paesi europei e include fra gli altri Politecnico e Università di Milano, Cineca Supercomputing Center, ELECTRA Crystallographic Association, Fraunhofer, BSC Supercomputing Centre, Jülich Supercomputing Center, Swiss Institute of Bioinformatics, KTH Royal Institute of Technology, l’Istituto nazionale per le malattie infettive Lazzaro Spallanzani. Più in dettaglio il progetto si propone di individuare i farmaci più sicuri e promettenti per il trattamento
immediato della popolazione già infetta a cui seguirà l’individuazione di molecole capaci di inibire la patogenesi del coronavirus per contrastare i contagi futuri.
A capo del progetto, coordinato per Dompè da Andrea Beccari, c’è il nucleo di ricerca originale, che lavora al supercomputer italiano da almeno 15 anni, composto oltre che dall’industria farmaceutica, anche da Cineca, consorzio universitario, con sede a Bologna, Politecnico di Milano e Università Statale di Milano. Abbiamo chiesto a Carlo Cavazzoni (a destra), coordinatore Cineca di molti progetti di supercalcolatori di che cosa si tratta.
Cos’è un supercalcolatore?
"Sono grandi computer con processori molto più potenti di quelli che sono normalmente sui personal computer. Il nostro, sul quale lavoriamo da molti anni, è composto di due macchine, che occupano 500 metri quadrati, come l’area di rigore di un campo da calcio. I supercalcolatori hanno unità molto più potenti di quelle dei pc, anche se oggi molto miniaturizzate e degli acceleratori grafici, molto simili a quelli usati nei videogiochi di nuova generazione".
Che cosa si fa con un super computer?
"Già oggi si fanno molte previsioni, per esempio quelle meteo. Sostanzialmente servono a fare simulazioni, cioè a risolvere equazioni molto complessi per trovare soluzioni. Il nostro supercalcolatore ha 5 mila nodi, è quindi potentissimo e in grado di dare risposte in tempi veloci e con una buona approssimazione".
Qual è l’applicazione farmaceutica?
"I supercalcolatori vengono usati da molti anni nel settore, per trovare nuove medicine, perché la chimica e la fisica rispondono alla meccanica quantistica e quindi i supercalcolatori simulano molto bene il comportamento delle cellule. Nel caso specifico la capacità di calcolo è in grado di valutare la corrispondenza fra il comportamento della molecola del farmaco e la proteina del virus".
Che tempi ci vorranno?
"Credo un paio di mesi, per analizzare le molecole esistenti e per trovarne almeno una che possa funzionare".
Esistono altri centri di calcolo come il vostro?
"Sì, diversi nel mondo. Il nostro è pubblico e da tempo lavoriamo con Dompé, ecco anche perché avevamo in effetti il progetto già pronto. Lo abbiamo scritto a Natale, prima che scoppiasse il Coronavirus, e per questo oggi siamo stati pronti e abbiamo vinto il bando urgente dell’Ue, che copre solo parzialmente i costi".
Costi umani e di energia?
"Esattamente. Obiettivo primario di Exscalate4coronavirus (E4C) è di sfruttare le potenzialità di supercalcolo integrate con le migliori competenze scientifiche in ambito life-science presenti in Europa per fronteggiare al meglio e in tempi rapidi situazioni di pandemia di interesse sovranazionale".
Ci sono precedenti?
"Sì, abbiamo lavorato sul virus Zika, dimostrando già in quell’occasione, certo con meno urgenza di oggi, il grande potenziale di calcolo dei supercalcolatori".
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